GMP、SSOP控制的是一般的食品卫生方面的危害，HACCP重点控制食品安全方面的显著性的危害。仅仅满足GMP和SSOP的要求，企业要靠繁杂的、低效率和不经济的最终产品检验来减少食品安全危害给消费者带来的健康伤害(即所谓的事后检验)；而企业在满足GMP和SSOP的基础上实施HACCP计划，可以将显著的食品安全危害控制和消灭在加工之前或加工过程中（即所谓的事先预防）。GMP、SSOP、HACCP的最终目的都是为了使企业具有充分、可靠的食品安全卫生质量保证体系，生产加工出安全卫生的食品，保障食品消费者的食用安全和身体健康。
SSOP的正确制定和有效实施，可以减少HACCP计划中的关键控制点(CCP)数量，使HACCP体系将注意力集中在与食品或其生产过程中相关的危害控制上，而不是在生产卫生环节上。但这并不意味着生产卫生控制不重要，实际上，危害是通过SSOP和HACCP的CCP共同予以控制的，没有孰重孰轻之分。
有了GMP和SSOP做基础，还不能马上开始制定HACCP计划，还需要完成五个预先步骤，即：1.组成HACCP小组；2.描述食品和销售方式；3.确定预期用途和食品的消费者；4.建立流程图；5.验证流程图。没有适当地处理预先步骤，可能会导致HACCP计划的设计、实施和管理上的失效。
