学院成立于2001年2月，2014年4月由集美大学生物工程学院更名为集美大学食品与生物工程学院，前身为创办于1972年的厦门水产学院水产加工系，具有43年的本科办学历史。学院现设有食品科学与工程、生物工程、环境工程三个本科专业，本科在校生1099人；食品科学与工程和生物学两个一级学科硕士学位授权点，涵盖食品科学、水产品加工及贮藏工程、农产品加工及贮藏工程、食品安全检测与控制、微生物学、生物化学与分子生物学和生物物理学七个二级学科硕士点，并设有农业推广硕士（食品加工与安全领域）和工程硕士（食品工程领域）两个专业学位授权点，在校硕士研究生319人；2014年招收水产学水产品加工方向博士研究生1名，形成了完整的人才培养体系，培养的各层次毕业生专业基础知识扎实、职业道德素质良好、适应能力强，受到用人单位欢迎。学院建有福建省水产品深加工工程研究中心、福建省高校水产科学技术与食品安全重点实验室、福建省高校食品微生物与酶工程研究中心、福建省生命科学基础教学示范中心、厦门市食品生物工程技术研究中心、厦门市食品科技研发检测中心、食品与生物工程综合实验室、食品与生物工程研究所、环境工程研究所等教学科研平台。教学、科研仪器设备总数2610台(套)，总价值约4000万元，为教学及科研提供了良好的工作条件。

　　学院现有专任教师69人，其中，“闽江学者”讲座教授2人，教授15人；具有博士学位41人，具有硕士学位21人；专任教师中具有高级职称教师占67％，具有博士学位教师占59％，具有研究生学历教师占86％。现有国务院政府津贴获得者2人，省级教学名师1人，省级教学团队1个，省青年五四奖章集体及个人3个，入选福建省“百千万人才工程”3人，入选厦门市拔尖人才2人。

　　近年来，在学科建设方面，“食品科学与工程”、“生物学”两个学科为省级一级重点学科。“食品科学”、“水产品加工与贮藏”、“微生物学”被评为省级重点二级学科。在发展中形成了食品科学、水产品加工与贮藏、食品安全检测与控制、食品生物技术、农产品加工与贮藏共5个学科发展方向。在科学研究方面，学院先后承担了国家自然科学基金重点及面上项目、国家863、国家科技支撑计划、福建省科技计划、厦门市科技计划、厦门南方海洋研究中心项目等100多项课题，取得了一批具有较高学术价值、应用价值的科研成果，并逐渐在水产品保鲜与加工、海洋生物资源开发利用、食品发酵工程、食品安全检测与控制、农副产品保鲜与加工等方面形成了一定的优势与特色。