学校前身是1925年由近代民主革命先驱何香凝先生等提议、为纪念伟大的爱国主义者廖仲恺先生爱护农工的意愿而决定创办的仲恺农工学校。1927年3月，学校正式招生，初设蚕丝科和农科，何香凝先生亲任校长。1980年，学校被确定为全国重点中等专业学校。1984年，经教育部、农牧渔业部批准，学校升格为本科院校，定名“仲恺农业技术学院”，国家副主席王震同志题写校名。2006年1月获得硕士学位授予权。2008年3月，经教育部批准，更名“仲恺农业工程学院”。2021年获批为博士学位授予立项建设单位。

学校的建设和发展备受各级领导和社会各界的高度重视与鼎立支持。党和国家领导人叶剑英、邓小平、杨尚昆、王震先后为校园内的廖仲恺何香凝纪念馆、廖仲恺铜像、何香凝汉白玉塑像和廖仲恺纪念碑题字;杨尚昆、李希、廖承志、何鲁丽、周铁农、万鄂湘、廖晖、霍英东、马万祺、齐续春、郑建邦等多次亲临学校视察指导工作。1987年4月，根据国家副主席王震提议，经中共广东省委同意，成立了学校董事会，王震任名誉董事长，时任广东省省长叶选平任董事长，董事会成员由国家领导人、省部级领导以及港澳知名人士等担任。此后，历届董事会董事长均由时任广东省省长担任。海内外各界人士深怀对廖仲恺、何香凝及其开创事业的崇敬和景仰，不断给予精神和物质上的大力支持，霍英东、马万祺、何厚铧、崔世安、曾宪梓、何鸿燊、杨钊、杨勋、刘宇新、霍震寰、马有礼等一批港澳社会贤达为学校捐资兴建实验楼、图书馆、教学楼等，添置教学科研和医疗卫生设备，设立奖教奖学金，为学校办出特色、办出水平不遗余力。

学校设有二级学院22个、博士后科研工作站1个、博士工作站1个和华南地区最大的雅思考点(IELTS)1个;拥有省部级重点实验室3个、省厅级科研平台69个;省级重点学科4个、省“强特色”学科3个、ESI全球排名前1%学科3个;国家一流专业2个、省级一流专业13个;硕士学位授权一级学科9个，硕士专业学位授权类别6个，本科专业65个。学校面向全国16个省(自治区)招生，现有全日制在校本科生、研究生25000余人。教职员工1700余人，其中，专任教师1162人，博士学位专任教师609人，高级职称专任教师429人;现有省级以上人才55人，全国优秀教师1人、广东省教学名师4人、南粤优秀教师(教育工作者)21人，省级科技创新团队16个。

学校先后与美国、英国、新西兰、澳大利亚、日本、韩国、波兰、马来西亚、泰国、白俄罗斯、加拿大、意大利等多个国家29所大学和研究院(所)建立了友好互访、人才培养及学术合作关系，为国家农业农村部“首批农业涉外培训合作交流点”，是“中国-拉丁美洲农业教育科技创新联盟” “一带一路暨金砖国家技能发展国际联盟”成员。

近年来，学校先后获评为广东省依法治校示范校、广东省安全文明校园、广东省绿色学校、广州市花园式单位，广东省高校“三全育人”体制机制建设试点单位、广东省高校心理健康教育与咨询工作先进集体、全国大中专学生志愿者暑期“三下乡”社会实践活动优秀单位、全国无偿献血贡献奖金奖单位等，是广东省乡村建设高校联盟发起单位、广东省新农科教育联盟发起单位。(2024年3月31日)