生物工程学院是学院下属的骨干二级学院之一。学院现设有生物技术及应用、生物制药技术、食品生物技术、园林技术4个专业，其中生物技术及应用专业为省高等学校特色专业、中央财政支持的骨干重点建设专业，园林技术专业为中央财政支持的重点建设专业，生物制药专业为院级重点专业。拥有全国生物技术及应用专业骨干教师师资培训基地、省级现代农业技术培训基地、滨州市农业生物工程重点实验室各一个。

　　学院现有在校生600余人，教职工31人，其中教授4人、副教授12人，博士3人、硕士23人，具有丰富的生产实践和教学经验的“双师型”教师22人、其比例达70%，聘请企业兼职教师52人。教师队伍中，生物技术及应用专业和园林技术专业教学团队为省级教学团队， 2人为滨州市有突出贡献的中青年专家，有1名省级教学名师，2名院教学名师。学院现有国家精品课程2门、两个国家级精品共享教学资源库立项建设项目、省级精品课程6门、院级精品课程10门，教师主编“十一五”高职高专规划教材4部。参与国家自然科学基金项目和“863”项目各1项，主持市级以上科研项目8项，各项专利6个，在各类专业学术和教育期刊发表论文815篇，获市级以上科研、教学成果奖18项，其中“基于ADDIE模型构建高职教育实践教学体系---以生物技术及应用专业为例”获第六届山东省优秀教学成果一等奖。

　　学院现有实验实训室2800平方米，建有植物组培中心、发酵实训室、啤酒发酵实训室、生物分离提取实训室、生物制药实训室、产品分析检验实验室等15个，仪器设备总值近1000万元，依托生物工程学院建立了滨州市农业生物工程重点实验室。同时，拥有滨州绿都生物技术有限公司、山东东方花卉有限责任公司、青州尧王制药有限公司、滨州沃华生物工程技术公司、齐鲁制药有限公司、青岛正乐食品有限公司、山东信立泰生物技术公司等校外实训基地40家，成立了滨州市生物工程职业教育董事会。良好的校内、外实训条件，为学生实习实训和实习就业提供了保障，满足了各专业实践教学的需要，学生技能培养水平不断提高。近年来，学生参加各类技能大赛均取得优异成绩，近年来参加的职业技能大赛获团体一等奖2个、二等奖2个、三等奖2个；学生个人获一等奖5个、二等奖10个、三等奖4个。

　　学院以悠久的办学历史、鲜明的专业特色、毕业生良好的综合素质和扎实的基本功而享誉社会，58年的办学，桃李芬芳，已培育学子近2万，为社会经济建设做出了突出贡献。目前，学院确立了“素质立院、能力强院、服务兴院”的办学理念，以服务当地经济建设为己任，优化专业结构，完善培养方案，改进办学条件，加强校企合作，大力推行工学结合，突出实践能力培养，重视综合素质培养，以满足地方社会经济发展对高技能人才的需求。