2006年3月，在原农艺系生物技术及应用专业、食品加工与检测专业以及畜牧兽医系兽医医药专业基础上组建了生物工程系。本系现有在校生1020人，是学院重点发展的主干系之一。

　　专业建设

　　本系现有生物技术、食品、制药三大类专业，包括生物技术与应用、生化制药技术、食品加工技术（生产与管理）、食品加工技术（营销与物流管理）、食品营养与检测、食品生物技术、食品药品监督管理7个专业方向。本系旨在为生物技术应用、食品、药品等领域的企业、事业单位培养从事相关产品的生产加工、检测分析、产品销售及管理服务等高素质技能型应用人才。

　　本系重视专业建设工作。成立了由高校教授、企业专家、行业领导组成的专业建设指导委员会，对专业建设和人才培养方案进行了专题研究，确立以就业为导向，以能力培养为核心的专业发展思路。围绕用人市场对人才素质的要求，以企业需要的岗位“技能包”为切入点，建立了理论课程体系和实践课程体系，强化学生综合实践能力培养。几年的专业建设，食用农产品技术专业群为省级重点建设专业群；生物技术及应用专业群即生物技术及应用和食品加工技术两个专业，成为省级重点建设专业；食品加工技术专业成为省高等学校特色专业建设点；食品营养与检测专业成为院级重点建设专业。

　　师资力量

　　本系拥有一支集产学研于一体，专兼结合、素质优良的教师队伍。现有教师37人。专任教师27人，其中教授2人、副教授4人、博士研究生学历6人、90%以上教师为硕士研究生学历。另有兼职教师10人，其中高级职称6人，生产一线技师4人。曾有8位教师在美国、日本、新加坡、澳大利亚进修。近几年，主持包括部级、省市级在内的各级科研、教研课题50余项，主编或参编教材20余部，发表教科研论文130余篇；省级精品课程1门、院级精品课程9门。

　　实训条件

　　现有三个实训中心和一个教学工场。生物技术综合实训中心，包括微生物、发酵工艺、产品分离、生物化工仿真、生化药品和化学合成6个实训室，总面积达620m2。购置高效臭氧发生器、空气自净器、智能温湿度控制仪、生化培养箱、发酵罐、高速冷冻离心机、PCR仪等设备，总投资300多万元；农畜产品检测实训中心，包括产品理化检测和仪器分析2个实训室，面积390m2。购置气相色谱仪、液相色谱仪、原子吸收、农残快速检测等仪器设备，总投资360多万元；农畜产品加工实训中心，包括果蔬加工、畜产品加工、粮油休闲食品加工、营养配餐加工、发酵食品加工、食品工程原理等6个实训车间，面积达760m2。购置微波真空干燥设备、灌肠机、葡萄酒生产线、纯净水生产线等设备，总投资300多万元。另外，在本院农林科技示范园，1580m2植物快繁智能温室、4800m2人工气候室、120亩彩叶苗木生产基地、700m3大型冷库、日产20000瓶（袋）的乳品加工厂等基地，也是我系相关专业的实训基地。

　　同时，本系与省内外60多家企业建立了密切的用人联系，并在其中25家企业挂牌，作为共建的校外实训基地，如上海杰隆生物工程股份有限公司、丹阳江南食用菌公司、常州金凌菇业有限公司、苏州稻香村食品有限公司、南通麦迪酥食品有限公司、南京红太阳集团、上海光明乳业、江苏雨润食品集团和南京桂花鸭集团等，为学生专业技能培养和就业提供平台。

　　就业状况

　　本系重视毕业生就业工作。坚持以就业为导向，通过多种形式（职业生涯规划、创业项目、就业讲座、校友座谈等）加强对学生就业和创业教育，采取三种举措（拓展校外实习基地、举办人才双选会、构建就业信息库）保证学生顺利就业。近几年，各专业毕业生就业率均保持在98%以上。

　　本系将坚持以服务“三农”为宗旨，走“产学研”结合的办学之路。在教学模式、岗位模块、课程体系建设、实训基地及师资建设等方面作了大量的探索性研究与实践，形成了明显的办学优势。