基础医学院是江西中医药大学的一个重要教学单位，伴随学校50多年的建设和发展历程，不断成长壮大，先后经历了药物研究所（1973年）、以西医基础各教研室为主的基础医学部（1980年）和加入了中医基础各教研室的新基础医学部（2002年）三个发展阶段。2007年1月为适应学校建设和事业发展的需要，基础医学部更名为基础医学院。在学校党委、行政的正确领导下，基础医学院紧紧抓住教学、科研、学科建设等中心工作不放松，大力促进学院教学科研工作的全面发展。
基础医学院现设有中医基础理论学科组、中医医史文献学科组、中医诊断学学科组、方剂学学科组、人体解剖与组织胚胎学学科组、生理学学科组、病理学学科组、生物化学与生物工程学科组、微生物学与免疫学学科组和预防医学学科组等十个学科组和一个基础医学实验教学中心。承担我校中医学、中西医结合、药学、中药学、制药工程、生物工程、计算机科学与技术、公共事业管理、医事法律、医疗保险等21个专业的研究生、本科生、成教生、留学生等不同层次学生的所有中、西医基础课程和生物工程专业课程的教学任务。
师资队伍
学院截止2014年9月份，教职工102人。
其中，今年新进教职工13人，成功刚性引进耶鲁大学研究员一人，引进博士2人、硕士8人、本科2人。
具有硕士以上学位教职工67人，占全体教职工的67%；其中具有硕士学位人员35人，占全体教职工的34%；具有博士学位32人，占全体教职工的31%；
受聘副高以上职称教职工40人，占全体教职工的39%；其中受聘副高职称33人，占全体教职工的32%；受正高职称7人，占全体教职工的7%；
45岁以下教职工74人，占全体教职工的73%；45岁以上教职工28人，占全体教职工的27%。
学科建设
国家中医药管理局重点学科2个：中西医结合基础、中医诊断学
江西省重点学科1个：中西医结合
校级重点学科4个：中医诊断学、方剂学、中医医史文献、发酵工程
教学质量工程
国家级精品课程1门：中医诊断学
国家级双语教学示范课程1门：中医诊断学
江西省优秀教学团队1个：中医学基础
江西省实验教学示范中心1个：基础医学实验教学中心
校级精品课程6门：中医基础理论、方剂学、医古文、生理学、病理学、微生物与寄生虫学
主持省级教改课题43项，获国家级教学成果奖1项，省级教学成果奖3项，中国中医药技术研究会教学成果奖1项，校级教学成果奖多项。
科学研究
近五来，主持科研项目98项，其中国家科技重大专项、国家自然科学基金等国家级项目13项，省部级科研项目17项，总经费776.18万元。李雪梅教授历经28年主持完成的《槐定碱抗癌作用及机理研究》荣获江西省科学技术进步一等奖和江西省自然科学二等奖各1项，研制成功的“槐定碱注射液”获国家一类化学新药证书；《脑Nestin-IR神经元的发现-形态、化学属性、纤维投射和功能》获国家教部自然科学二等奖；《复宫宁对子宫内膜异位症的作用及其机制的研究》获江西省高校科技成果一等奖；《心理应激致卵巢功能失调及中药整合调节的机理研究》获江西省高校科技成果三等奖。公开发表学术论文400余篇，其中SCI收录11篇，核心收录200余篇。
教材建设
近年来，主、副主编和参编教材著作40余部，其中主编的教材著作有《解剖生理学》、《生理学》、《人体解剖生理学》、《生物化学》、《中医学基础现代实验教程》、《医学功能学科实验指导》、《中医学实验教程》等。
专业建设
基础医学院生物化学和微生物学均为较强的学科，在此基础上，依托我院中药学、药学等学科优势，于2000年开设了生物工程专业，并首届招生。其培养目标在于以生物和工程技术为依托，着重培养医药发酵、生物制药领域的的实践型、创新型、创业型人才。目前已招生13届，已有9届学生毕业，第一志愿录取率达100%，一次性就业率超过94%。
教学科研条件
受益于学校对基础医学院教学科研工作的重视，不断加强我院教学科研条件建设，我院现有教学、科研实验室面积8960m2；万元以上仪器设备91台，价值合计1231万元。
研究生教育
基础医学院现有硕士点5个（中医基础理论、方剂学、中医诊断学、中医医史文献、中西医结合基础），本着突出学科特色，培养高素质中、西医基础人才的目的，在对研究生的培养中努力体现因材施教的原则，注重发挥研究生的个人才能和特长，促进研究生创新能力和综合素质的提高。近五年，共招收硕士生101人，授予硕士学位85人。
基础医学院将始终坚持以科学发展观为统领，走可持续发展之路。注重教学质量与教学改革工程建设，抓住学科建设主线，以学生和教师为本，不断加强制度设、队伍建设和内涵建设。在校党委和行政的领导下，充分发挥先锋岗、堡垒榜、“中老年教师传帮带，青年教师赶学超”作用，向着“和谐集体，创新团队”的目标阔步前进。
