生物工程系是我院拥有四十多年办学历史的传统骨干系，也是学院重点建设和开发的教学部门，该系是全国食品药品职业教学指导委员会、全国食品职业教学指导委员会委员所在单位；是国家职业资格证书培训基地，承担公共营养师（高级）、食品检验工（高级）、内审员等培训和鉴定工作；拥有省级教学团队一支，即食品营养与检测专业教学团队；现有食品营养与检测、食品质量与安全监管、药品质量检测技术、生物制药技术四个专业，其中食品营养与检测、食品质量与安全监管是省级重点专业，食品营养与检测及食品加工类专业群为学校骨干校建设重点建设专业群。

　　生物工程系现有专任教师19名，其中教授5人，副教授6人，工程师2人，专任教师中57%为高级职称、95%为双师型教师，已形成师资力量雄厚、双师结构合理的高水平的专业教学团队。

　　生物工程系现有汉斯啤酒酿造基地、固体制剂、液体制剂、生物制药工艺、包装间、灯检室、精密仪器分析、食品理化分析、微生物检验等16个设备先进、功能齐全的校内实训室，引进食品企业即三锦食品有限责任公司1个，各专业均与知名企业签订了订单培养模式，学生在入学的第二年就能到企业带薪顶岗实践，实现强化专业技能、提高就业竞争力的目标，毕业生就业率98%。