生物工程系于2009年三院校整合中开始筹备，于2011年成立。

　　建系以来，逐步培养了一支学历层次较高、专业技能全面、团结协作的师资队伍。现有专任教师36人，其中：兰州市领军人才1人；教授1人，副教授6人；博士3人，硕士22人。聘请行业企业兼职教师22人，其中客座教授4人。

　　建系之初，着眼于国家产业结构调整，紧贴市场对实用型技能人才的需求，现已建成“农业环境保护技术”、“园林技术”、 “生物制药技术”、“微生物技术及应用”和“烹饪工艺与营养” 五大专业，正在筹建“食品营养与检测技术”新专业。其中“农业环境保护技术”专业2011年被教育部、财政部确立为人才紧缺型专业，中央财政支持经费150万元，已建成首批国家级专业服务产业的示范专业。

　　现已建成药物制剂实验室、理化检测实验室、微生物实验室、菌种实验室、组培实验室、发酵实验室等12个实验室，建成食用菌实训基地、园林园艺日光温室、育种育苗实训室、啤酒和果酒生产性实训基地。

　　先后与广东海纳川药业、天源黑马药业、海正药业、旺旺集团、中牧集团、齐鲁制药等26家企业建立了校企合作关系，分别开展了学生实习和就业、共建实验室、合作研发科研项目、捐资助学、合办订单班等合作内容，先后办成22个订单班。与中科院兰州近物所天然药物中心、中国农科院兰州牧药所药物室、甘肃省农业科学院、西藏农牧科学院等科研院所建立了“校科合作”关系，共同进行项目研发和技能人才培训。

　　教学科研成果与日俱增，其中：教学成果人才培养模式改革2011年获甘肃省教学成果“教育厅级奖”；5项科技成果经省级鉴定为国内领先水平；“威力康的研制及产业化”2013年获兰州市科技进步奖；申请各类科研项目12项，获得经费支持80多万元；发表省级以上论文60余篇，其中SCI论文5篇，EI论文2篇，中文核心论文30余篇；编写教材11部，申请专利10余项。

　　生物工程系自筹备以来，共培养三届毕业生约300人。毕业生由于扎实的文化素养、全面的技能和实习期间的突出表现，深受企事业用人单位的欢迎，技能型人才供不应求，就业率90%以上，其余学生毕业后分别考取了硕士研究生、2+2本科及甘肃省事业编制。