作为自治区农业科技的主力军，新疆农业科学院紧紧围绕自治区农业发展不同阶段的科技需求，重点培育和构建了作物遗传育种、作物栽培、农业生物技术、植物保护、应用农业微生物、农业资源与生态环境、农业工程与机械装备、设施农业、农业经济与农业系统工程、农业信息技术应用、农产品质量标准、农产品贮藏与加工等区域特色鲜明的重点学科。

建院以来，全院共取得各类科研成果1573项，获奖成果634项，其中省部级二等奖以上奖励265项，审(认)定新品种502个。这些品种和成果的大面积推广应用，为推动我区农业高质量发展、保障粮食安全和重要农产品稳产保供、助力乡村振兴作出了重要贡献。

全院建有国家、部委科技平台50个、自治区科技平台26个，中长期科研基地37个。全院各类平台实验室总面积1.22万平方米，拥有科研仪器设备4152台(件)、设备总金额1.99亿元，用于试验、示范、良繁的科研用地1.5万亩。

我院先后与20余个国家的科研院校建立了良好合作关系，建设有科技部国际合作基地、自治区引智示范基地、中亚有害生物综合防控技术国际联合研究中心等，积极推动农业科技“走出去”。用好科技援疆资源，与国内50余家高水平科研院校开展深层次合作，构建协同创新格局。

进入新发展阶段，新疆农业科学院积极抢抓机遇，加快构建区域特色鲜明的干旱绿洲农业科研中心、人才中心和创新高地，大力实施“创新立院、改革兴院、开放办院、人才强院”，深化机制改革、优化科技资源、引进优秀人才、激发创新活力、加大科技攻关，全面提升我区农业科技创新和产业支撑能力，积极为自治区农业高质量发展贡献科技力量。