生物工程系的建系宗旨是“立足工厂，面向市场，提高素质，注重技能”，一直把培养教师的严谨教风和学生的健康人格作为立系之本。现有生物技术及应用、食品营养与检测、生物制药技术三个专业。2013年，生物技术及应用专业通过中央财政支持高等职业学校提升专业服务能力项目验收，中央财政共投入资金240万用于专业建设。生物工程系各专业毕业生就业形势良好，毕业生服务于医药、食品、环保、生物能源、卫生监督等领域，深受用人单位欢迎。

　　【“订单培养、校企合作”的人才培养模式】

　　以基础理论教学为基础，重点培养学生实际应用能力，体现高职教育的核心竞争力。适应“山东半岛蓝色经济区”战略人才需求，与多家现代化企业建立长期密切的合作关系，以订单培养的形式，为企业输送可用、好用、实用的工学兼备型人才。齐鲁制药厂和我系已签定“齐鲁制药班”合作协议，班级人数规模为50人/年，订单班的开设使学生一入学就已经实现就业，学生将更多的精力用于专业学习，而不再疲于应对繁重的就业压力；学习与顶岗实习穿插进行，以培养学生扎实的理论基础和娴熟的操作技能。

　　【师资力量雄厚】

　　全系专任教师19名，兼职教师8名，副教授以上职称的9名，双师型教师18名，具有硕士及以上学位的占84%。年轻教师思想活跃、基础扎实、知识新颖，能力出众，是生物工程系的希望；兼职教师来自于企业一线，有着丰富的实践经验和技术技能，学生可以得到良好的技能训练。本系老师承担多项校企合作科研项目，社会服务能力强。

　　【拥有先进、完善的校内外实训基地】

　　生物工程系目前共建有12个实验室和8个实训室，实训室24小时对学生开放，为提高教师的科研水平和学生的实践技能提供有力保证。生物工程系与济南疾病控制中心、齐鲁制药、鲁南制药、青岛啤酒、胜利股份、伊利和旺旺集团等多家企业联合建立了校外实习基地，为学生走向社会提供热身场所。

　　【毕业生享有良好的社会声誉】

　　凭借优秀的教学理念和优质的教育资源，生物工程系已经为社会培养输送了大批德才兼备的实用型人才。目前，毕业生已经遍及山东省大多数饮品、食品、医药、生物设备、生物化工等与生物产业相关的现代化企业，并很快成长为企业骨干，受到用人单位的高度好评。本系毕业生在校期间可考取啤酒酿造、食品检验、食品检验检疫、化学检验、高级药物制剂、药物检验、药品操作等职业技能鉴定证书或资格证书。

　　【生物工程系主要就业单位】

　　齐鲁制药有限公司、江苏扬子药业集团、石家庄药业集团、华熙福瑞达生物医药有限公司、山东鲁抗辰欣药业、济南宏济堂制药、山东明仁福瑞达、青岛啤酒济南分公司、中粮可口可乐济南分公司、济南百事可乐、山东银鹭食品有限公司、欣和企业、统一企业、济南佳宝乳业、光明乳业、伊利乳业、胜利股份、康师傅集团、达利食品、太平洋恩利、双汇集团、娃哈哈集团。