食品工程系是学校较早发展的系之一，现有食品科学与工程、食品质量安全两个本科专业和食品营养与检测一个专科专业，系部设置专业教研室2个。食品工程系由华中农业大学王清章教授担任教学牵头人，以江南大学、华中农业大学、华南农业大学等院校毕业的博士组成青年教师团队，教师中具有硕士、博士学位的超过96%，食品工程系拥有优越的科研基地和先进的技术平台，与武汉多所院校和科研机构建立了密切联系。近几年，教师承担了省、市级及校级的8项科研课题和5项教研课题，在国内外核心期刊发表学术论文五十多篇，出版教材十多部。食品工程系本着“理论与技术并行，知识服务产业”的核心理念，着力于应用型、创新型人才的培养，注重素质教育、创新教育和创业教育，重视实践教学，拥有50余个稳定的毕业生实习实训和就业基地，注重学生实用技能的培养，先后与湖北省人力资源和社会保障厅、武汉市人力资源和社会保障局、中国检验认证集团、中国质量认证中心等政府机构和部门组织建立了密切的合作关系，让学生在毕业之前熟练地掌握职业技能。毕业生就业率一直保持在98%以上，85%以上的毕业生在省内外卫生、检疫检验、农业、生物能源、环境与资源以及食品加工等行业从事与专业相关的教学、科研、生产、管理、检验等工作。一大批优秀毕业生考取国家重点大学硕士研究生，普通本科生考研率一直保持在学校院系前列，涌现出了一大批自办公司、成功创业的优秀校友典型。