生物技术系专业历史悠久，办学积淀深厚，是学院最具特色的专业之一，几十年来为福建省培养了大量水产养殖与加工等专业人才，毕业生深受社会欢迎。
★师资队伍
☆我系现有教职工35名，其中专业教师26名，省级教学名师2名，全国农业职教名师4名，省级优秀教师1名，副教授以上职称教师11名，讲师20名，双师型教师22名，硕士学位的教师28名，博士4名。同时聘请多名厦门大学、集美大学等知名大学教授和企业的高级工程师等担任兼职教师或实习指导老师。
★招生专业与学生规模
☆招生专业：学院以培养适应海洋经济强省建设需要的大量高素质高技能型人才为目标，紧紧围绕海洋产业建设目标设置和调整专业，在生物技术系逐步建成了水产养殖技术、水族科学与技术、水环境监测与保护等海洋渔业专业群和食品加工技术、食品营养与检测、商检技术等食品（水产品）加工专业群。
☆学生规模：目前全系在校生人数共1000名，分别设立食品加工技术专业、商检技术专业、食品营养与检测专业、水产养殖技术专业、水环境监测与保护、水族科学与技术专业等6个专业。
★实验实训设备条件
2006-2008年，建成了学院首个得到中央财政经费支持的生物技术（制药）实训基地。目前拥有水产品加工模拟车间、水产品加工实训室、食品感官分析实训室、分析仪器仿真实训室、营养配餐室、仪器分析实验实训室、微生物检验实训室、观赏鱼实训室等23间实训室，拥有气质联用仪、原子吸收分析仪、氨基酸全自动分析仪等高档仪器设备，价值近千万元。
★教科研成果
☆拥有“一种多级池养鱼系统”、“一种四阶段变温烘干挂面加工工艺”等6项发明专利；近5年承担了福建省发改委《中国仙女蛤人工育苗技术》、《美国匙吻鲟健康养殖模式中试》、《星洲红鱼高效健康养殖技术开发与示范推广》等6个项目；承担了福建省海洋与渔业厅《漠斑牙鲆人工育苗技术的研究》、《方斑东风螺批量化育苗与养成》等6个项目；承担厦门市《茶叶中多种农残QuEChERS净化和GC/MS快速筛选技术的研究》等科研项目。
☆主编福建省高职高专"十二五"规划教材7部，主编全国高职高专农林牧渔类“十一五”规划等教材8部，在国内各种期刊发表论文近百篇。
☆黄瑞老师的《近江蛏人工育苗的研究》项目在鉴定评价为国际先进水平之后，又实现了科研成果的产业转化，《近江蛏生产性人工育苗》项目在2009年福建省“6.18”项目成果交易会上与厦门海沧厦兴龙水产种苗公司签约，当年培育出近江蛏蛏苗2亿多粒，既为我省增加了海洋水产养殖新品种，也取得了良好的经济效益；同时，近江蛏作为海水养殖贝类新种被选为2009年首届海峡两岸农业博览会展品，并参加了2010年首届全国科技兴海成果展览会的成果展示；
★教学质量成果
☆4门省级精品课程（水产微生物、水产动物学、水产动物疾病防治技术、水产品加工技术）；2门院级精品课程（仪器分析、生物化学），正在开展水产养殖技术专业和食品加工技术二个专业12门核心课程的建设任务。
☆2个省级精品专业（水产养殖技术专业和食品加工技术专业）
☆1个省级教学团队（水产养殖技术教学团队被评为省级教学团队）。
☆1个省级教育教学综合改革实验项目（水产养殖专业获省级教育教学综合改革实验项目）
☆2个省级教育改革试点项目（食品加工技术专业“生产性实训基地建设”改革试点与水产养殖技术专业的“校企联合培养高技能人才”项目）。
☆1个厦门市首批重点建设专业（食品加工技术专业）。
★校企合作成果
☆正大集团、广东海大集团、厦门向阳坊集团食品有限公司、厦门惠盈动物科技有限公司等40多家知名企业与我系建立密切合作关系，为学生实习、就业提供保证。
☆目前有6家合作企业每年拿出数万元在我系设立“海大奖学金”、“正大奖学金”、 “惠盈奖学金”、“向阳坊奖学金”、“嘉康奖学金”、“通威奖学金”等，奖励生物系的优秀学生。
☆2011年，与正大集团签定订单培养班---正大班。2012年，与厦门向阳坊集团签定订单培养班-向阳坊班。
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★职业资格证书
☆注重学生实践能力和创业能力培养。可以组织培训和考证水产动物苗种繁育工、水生生物病害防治员、水生动物饲养工、水环境监测工、食品检验工、报检员、公共营养师、ISO22000 、ISO9000、HACCP内审员、品酒师、烘焙师等多项专业技能证书。
*学生荣誉
☆在2010年福建省第六届“挑战杯”大学生创业竞赛中，生物系学生在高职组中荣获12金奖中的4个金奖；
☆在第三届全国高职高专生物技术职业技能大赛中，生物系二名学生荣获二等奖，一名荣获三等奖，集体总成绩为三等奖之首。
☆生物系李强同学在2010年被评为福建省大中专学生“三下乡”社会实践先进个人，肖建和同学和袁江湖同学在2009年、2010年分别荣获团中央评选的中国大学生“自强之星”提名奖。
☆参加2011年首届全国职业技术学院西点大赛荣获三等奖，成为福建省唯一获此殊荣单位。2012年5月组织学生参加全国在校生创意西点大赛决赛，再获喜讯，荣获一个三等奖和一个优秀奖。
☆参加2011年第四届全国大中学生海洋知识竞赛，获大学组团体优胜奖。
☆参加2012年首届全国农产品质量安全检测大赛，荣获三等奖，2013年又参加全省农产品质量安全检测职业技能大赛，获得4个三等奖。
★参加2013年4月全省水环境监测大赛，荣获全省二等奖；
★参加2013年4月全省微生物技术与应用竞赛，荣获三等奖；
