GMP、SSOP和HACCP体系都是一个相对独立的体系，从不同方面规范了食品安全质量的管理，但他们又各有侧重，有所区别。GMP只注重结果，SSOP只对卫生操作加以规范，而一种食品的生产设计多方面的因素，很难确保食品加工链的各个环节都不出问题，HACCP体系正好弥补了这个缺陷，从原料到最终产品及其食用方法整个食品链进行危害分析，确定其中的关键控制点，消除潜在的危害。
抛开GMP、SSOP谈HACCP，HACCP只能务虚，成为空中楼阁；同样，只靠GMP和SSOP控制，也不能保证完全消除食品隐患，因为良好的卫生控制，并不能代替危害分析和关键控制点，只有三者有机结合，相互协调，才能构筑出完整的食品安全预防控制体系。
