对于食品安全管理体系来说，具有好的食品安全方针、安全目标和管理方案并不意味着就一定具有好的结果。为此，组织需对与所认定的、需采取关键点控制措施的运行和活动实施运行控制，以确保这些运行和活动在规定的条件下执行。有时，尽管实施了一系列的危害控制措施，但可能还会出现危害失控和其他紧急情况，因此，为了最大限度地预防和减少随之引发的不合格项、组织还需建立并保持应急准备和响应的计划和程序，以及和可追溯性系统，处理这些紧急情况。
在食品安全管理体系实施和运行过程中，组织需不断地进行绩效测量和监视，如果发现事故、事件、不符合，则应及时采取纠正和预防措施。
为了不断改善组织的食品安全管理绩效，组织应定期开展食品安全管理体系审核和验证，以评审和评估组织的食品安全管理体系的有效性。审核涉及食品安全管理体系其他所有要素，是对这些要素执行情况的总结和评价。
总之，组织的食品安全管理体系运行过程是一个动态循环并持续改进的过程，组织的最高管理者必须对食品安全管理体系定期执行管理评审，根据审核的结果、环境的变化和对持续改进的承诺，验证食品安全方针、目标及其他要素，以确保食品安全管理体系实现持续适宜性、充分性和有效性，达到持续改进的目的。
