按部门审核涉及多个过程，主管过程必查、相关过程选查。这种方式是以部门为中心来展开审核。一个部门往往负责许多过程，因此审核时，对该部门负责的主管过程重点审核，不能遗漏，该部门配合参加的相关过程选查。
优点：效率高，减少对一个部门的往返次数。
缺点：过程的接口易遗漏，应加强审核员间的沟通和审核组长的协调、指导。
