按过程审核涉及多个部门，主管部门必查、相关部门选查。这种方式是以过程为中心来展开审核，一个过程往往涉及多个部门，因此要到不同部门去审核才能掌握过程实施的情况。按过程审核时，负责该过程的主管部门必查，配合参加该过程的相关部门选查。
优点：目标明确，易于针对标准及体系文件与受审核方实际运行对照。
缺点：重复往返多，效率低，在部门较多的情况下，各部门会全程等候，多次接受审核。
