抽样是审核的基本方法，审核是-个抽样调查的过程，因此，审核员在编制检查表时就需要策划抽样计划。由于审核时间的限制，审核员通常不可能检查到审核范围内的所有的活动、操作、过程、文件或记录和人员，而只能通过选取适当的、足够的样本来证实相应的审核对象是否符合要求，所以抽样是具有一定局限性的，通过抽样发现了不符合并不能表示整个食品安全管埋体系都不符合，在样本中没有发现不符合也并不能说完全不存在问题，这也说明抽样是具有一定风险性的。为了降低抽样的局限和风险，就要求审核员应该通过精心地策划，选定适当的信息源，并抽取具有代表性的、足够的样本，以保证审核的系统性和完整性。
审核员在编制检查表时，通常审核的对象和总体是比较明确的，但是总体量的多少却不能确定，只能估算，因此，在检查表中策划的抽样量通常也是估算的结果，一般不会十分确定，例如“抽3-7份文件查其批准的证据”。只有到现场审核时，审核员才能知道审核对象的实际情况和总体量的多少，才能确定具体的样本和抽样量的多少，并采用随机抽样的方法，抽取足够数量的具有代表性的样本。
