所谓“随机抽样”是指在一个母体中的所有子样被抽取的概率是相同的抽样。要做到随机抽样，使抽取的样本具有代表性并保证足够的样本量，在策划抽样计划和现场审核抽样时应注意以下几个方面的问题：
(1)明确抽样的对象和总体
抽样的对象和总体通常是由审核内容决定的，如审核内容是“文件控制情况”，则抽样的对象和总体是与食品安全管理体系文件控制有关的所有文件、人员和控制活动以及文件控制的有关程序和记录等。
(2)保证抽取足够数量的样本
抽取足够数量的样本是降低抽样风险的重要保证，抽取的样本太少或太多都是不合适的。在实际审核中，通常抽取的样本量在3-12个之间。针对一个具体的审核对象的抽样量而言，其样本量的多少通常与该审核对象的总体量的多少有直接关系，一般情况下，总体量多的抽取的样本量就会相对多一些；另外，样本量的多少还受到审核时间的影响，审核时间充分则抽取的样本量可能较多。
在现场审核中，审核员通常会依据检查表中策划的抽样计划进行抽样。如果经抽样发现不符合时，为了减少审核的风险，可以需要考虑适当增加抽样量，以确认所发现的不符合是偶然的个别问题，还是系统性问题。
(3)做到分层抽样
在策划抽样计划时，应充分考虑到受审核方食品安全管理体系不同层面上产生的信息，因此，审核员可以按产品、活动、设备、生产线、岗位、时间或记录等进行分层抽样。例如，查产品CCP的监控时，应考虑不同部门、不同阶段的监控证据。
(4)抽样的样本量应适度均衡
在策划和实际抽样过程中，虽然可以针对具有不问重要性的部门或过程抽取不同数量的样本，但应避免在一个部门或过程中抽样过多，而另一个部门或过程抽样过少，应保持抽样量的相对均衡。
(5)审核员应亲自抽样
在现场审核中，审核员应坚持亲自选取样本，而不应让受审核方“随意”挑选几个样本供审核员检查。
（6）审核员应相信抽取的样本
虽然抽样调查的方式存在一定的不确定因素（如抽取的样本符合要求并不代表整个审核对象都不存在问题），但是，审核员仍应对抽取的样本及抽样调查的结果有信心。有的审核员按选定的样本调查后，没有发现不符合，就对样本产生怀疑，认为样本选得不对或数量太少，于是一次又一次地扩大样本的数量，直到发现不符合，这是一种不正确的态度。审核寻找的是审核证据，而不是不符合项，如果抽到的是符合有效的证据，就应相信调查的结果是符合有效的，如果抽到的是不符合或失效的证据，就可以认为是一项不符合，这才是正确的态度。
