微生物的名字有俗名和学名两种。
如： 红色面包霉———粗糙脉孢霉
绿脓杆菌———铜绿假单胞菌
学名—是微生物的科学名称，它是按照有关微生物分类国际委员会拟定的法则命名的。学名由拉丁词、或拉丁化的外来词组成。学名的命名有双名法和三名法两种。
1、双名法：
属名：拉丁文的名词或用作名词的形容词，单数，首字母大写，表示微生物的主要特征，由微生物构造，形状或由科学家命名。
种名：拉丁文形容词，字首小写，为微生物次要特征，如微生物色素、形状、来源或科学家姓名等。
例：大肠埃希氏杆菌
Escherichia coli （Migula）Castellani et Chalmers 1919
金黄色葡萄球菌
Staphylococcus aureus Rosenbach 1884
