霉菌有性繁殖靠产生有性孢子进行。真菌有性孢子是经过两个性细胞（或菌丝）的结合而形成的。有性孢子的形成过程一般经过质配、核配和减数分裂3个阶 段。大多数真菌的菌体是单倍体，二倍体仅限于接合子（zygote）。在霉菌中，有性繁殖不及无性繁殖普遍，仅发生于特定条件下，而且一般培养基上不常出现。
有性孢子形成过程：
质配：两个性细胞结合，细胞质融合，成为双核细胞，每个核均含单倍染色体（n+n)。
核配：两个核融合，成为二倍体接合子核，此时核的染色体数是二倍（2n）。
减数分裂：具有双倍体的细胞核经过减数分裂，核中的染色体数目又恢复到单倍体状态。
