噬菌体对发酵工业的危害很大。大罐液体发酵若受噬菌体严重污染时,轻则引起发酵周期延长、发酵液变清和发酵产物难以形成等事故,重则造成倒灌、停产甚至危及工厂命运,这种情况再谷氨酸发酵、细菌淀粉酶或蛋白酶发酵、丙酮丁醇发酵以及若干抗生素发酵中司空见惯。