贮存在生物体内葡萄糖等有机物中的化学潜能，经上述4条途经脱氢后，通过呼吸链（或称电子传递链）等方式传递，最终可与氧、无机或有机氧化物等氢受体相结合而释放出其中的能量。
根据递氢特点尤其是受氢体性质的不同，可把生物氧化区分为呼吸、无氧呼吸和发酵3种类型。
1. 呼吸
又称好氧呼吸，是一种最普遍又最重要的生物氧化或差能方式，其特点是底物按常规方式脱氢后，脱下的氢（常以还原力[H]形式存在）经完整的呼吸链传递，最终被外源分子氧接受，产生了水并释放出ATP形式的能量。
呼吸链是指位于原核生物细胞膜上或真核生物线粒体膜上的、由一系列氧化还原势呈梯度差的、链状排列的氢（或电子）传递体，其功能是把氢或电子从低氧化还原势的化合物处逐级传递到高氧化还原势的分子氧或其他无机、有机氧化物，并使它们还原。
不论在真核生物或是原核生物钟，呼吸链的主要组分都是类似氢或电子的传递顺序一般为：
NAD(P) → FP(黄素蛋白) → Fe·S（铁硫蛋白）→ CoQ（辅酶Q）→ Cyt b → Cyt c → Cyt a → Cyt a3
氧化磷酸化又称电子传递链磷酸化，是指呼吸链的递氢（或电子）和受氢过程与磷酸化反应相偶联并产生ATP的作用。递氢、受氢即氧化过程造成了跨膜的质子梯度差即质子动势，进而质子动势再推动ATP酶合成ATP。
