次生代谢产物是指某些微生物生长到稳定期前后，以结构简单、代谢途径明确、产量较大的初生代谢物作前体，通过复杂的次生代谢途径所合成的各种结构复杂的化学物。与初生代谢物不同的是，次生代谢物往往具有分子结构复杂
代谢途径独特、在生长后期合成、产量较低、生理功能不很明确（尤其是抗生素）以及合成一般收质粒控制等特点。
次生代谢物的种类极多，与人类的医药生产和保健工作关系密切，如抗生素，色素，毒素，生物碱，信息素，动、植物生长促进剂以及生物药物素（指一些非抗生素类的、有治疗作用的生理活性物质）等。
