1.从生产中育种
在利用微生物进行大生产的过程中，微生物必然后以10-6左右的突变率进行自发突变，其中有可能出现一定几率的正突变株。例如，在污染噬菌体的发酵液中曾分离到抗噬菌体的自发突变株。
2.定向培养优良菌种
定向培养是一种利用微生物的自发突变，并采用特定的选择条件，通过对微生物群体不断移植以选育出较优良菌种的古老方法。如培育卡介苗是采用这种方式。
