营养缺陷型的筛选方法：
第一步，诱变剂处理；
第二步，淘汰野生型，常用的有抗生素法、菌丝过滤法；
第三步，检出缺陷菌，有夹层培养法、限量补充培养法、检出法和影印接种法；
夹层培养法：先在培养皿底部倒一薄层不含菌的基本培养基，待凝，添加一层混有经诱变剂处理菌液的基本培养基，其上再浇一薄层不含菌的基本培养基，遂成“三明治”状。经培养后，对首次出现的菌落用记号笔一一标在皿底。然后，再向皿内倒上一薄层第四层培养基——完全培养基。再经培养后，会长出形态较小的新菌落，它们多数都是营养缺陷型突变株。
限量补充法：把诱变处理后的细胞接种在含有微量（< 0.01%）蛋白胨的基本培养基平板上，野生型细胞就迅速长成较大的菌落，而营养缺陷型则因营养受限制故生长缓慢，只形成微小菌落。
逐个检出法：把经诱变处理的细胞群涂布在完全培养基的琼脂平板上，待长成单个菌落后，用接种针或灭过菌的牙签把这些单个菌落逐个整齐地分别接种到基本培养基平板和另一完全培养基平板上，使两个平板上的菌落位置严格对应。经培养后，如果在完全培养基平板的某一部位上长出菌落，而在基本培养基的相应位置上却不长，说明此乃营养缺陷型。
影印平板法：将诱变剂处理后的细胞群涂布在一完全培养基平板上，经培养长出许多菌落。用特殊工具——“印章”把此平板上的全部菌落转印到另一基本培养基平板上。经培养后，比较前后两个平板上长出的菌落。如果发现在前一培养基平板上的某一部位长有菌落，而在后一平板上的相应部位却呈空白，说明这就是一个营养缺陷型突变株。
