1)灭菌和消毒：
采用灭菌和消毒的办法可以杀死微生物或降低微生物的含量。
巴氏杀菌——是指通过加热以达到杀灭所有致病菌和破坏及降低一些食品中腐败微生物数量为目的的一种杀菌方式。（通常在100℃以下的加热介质中低温杀菌)。
巴氏杀菌是一种传统的杀菌方式，目的是杀灭病原菌的营养体，但不能杀死耐热菌和芽孢。
高温灭菌——是指以杀灭所有通过平板或其它计数方法可以测出的活菌为目的的一种杀菌方式。一般认为121.1℃、15—20min的杀菌条件可以杀死所有微生物（包括芽孢）。
消毒——是通过化学和/或物理的方法破坏、钝化或除去有害微生物的操作。消毒不能完全杀死细菌芽胞。通过消毒使环境里的微生物数量减少到不能损害食品安全性和适宜的水平。如：用紫外灯照射生产车间，但使用紫外灯是要有条件的，一般环境中要一次开启30分钟以上，潮湿的环境中要延长时间。对紫外灯装的高度和使用寿命也是有规定的。
另外在食品的生产环境中还可以用臭氧发生器、化学品熏蒸等方法进行消毒。
