这类来自于植物、动物和微生物的天然存在的化学物质往往是以食品原料的方式存在。如粮食发霉后会有霉菌毒素—黄曲霉毒素。
天然存在的有毒物质
①河豚鱼毒素(Tetrodotoxin)
②鱼肉毒素（西加毒素)(Ciguatera)
③贝类毒素
④组胺（生物胺）
⑤曲霉毒素
黄曲霉毒素 在花生上常会发现黄曲霉毒素，其是导致肝癌的毒素，是目前发现最强的化学致癌物质，世界各国对其控制十分严格。
棒曲霉毒素 常存在一些水果及基制品中，尤其是腐烂水果中含量高，有可能会使人致癌。
