第二阶段审核的目的是评价客户管理体系的实施情况，包括有效性。第二阶段审核应在客户的现场进行，并至少覆盖以下方面：
a)与适用的管理体系标准或其他规范性文件的所有要求的符合情况及证据；
b)依据关键绩效目标和指标（与适用的管理体系标准或其他规范性文件的期望一致)，对绩效进行的监视、测量、报告和评审；
c）客户的管理体系和绩效中与遵守法律有关的方面；
d)客户过程的运作控制；
e)内部审核和管理评审；
f)针对客户方针的管理职责；
g）规范性要求、方针、绩效目标和指标（与适用的管理体系标准或其他规范性文件的期望一致)、适用的法律要求、职责、人员能力、运作、程序、绩效数据和内部审核发现及结论之间的联系；
