与动植物相同，微生物的分类单位依次分为界、门、纲、目、科、属、种。种是最基本的分类单位，把相似或相关的种归为一个属，又把相似的属归为一科，依次类推，从而构成一个完整的分类系统。
以啤酒酵母为例，它在分类学上的地位是：
界(Kindom)：真菌界
门(Phyllum)：真菌门
纲(Class)：子囊菌纲
目(Order)：内孢霉目
科(Family)：内孢霉科
属(Genus)：酵母属
种(Species)：啤酒酵母
