由于细菌细胞既微小又透明，故一般先要经过染色才能作显微镜观察，常见染色方法见下图
其中革兰氏染色法（Gram stain）最为重要，各种细菌经革兰氏法染色后，能区分成两大类，一类最终染成紫色，称革兰氏阳性细菌（Gram positive bacteria，G+），另一类被染成红色，称革兰氏阴性细菌（Gram negative bacteria，G-）。
革兰氏染色法的具体机制将在介绍细胞壁构造后予以阐明。
