研究领域：
　　研究方向：畜牧学—动物生产与遗传育种，专长：生物技术与牛遗传育种
　　获资助项目：
　　国家自然科学基金、河南省杰出青年基金项目、河南省高校科技创新人才计划项目、河南省自然基础与前沿发
　　展计划项目、河南省科技攻关计划项目、动物胚胎工程及分子育种湖北省重点实验室横向研究等项目。

　　代表性论文和著作：
　　* 表示通讯作者
　　（1）教材与著作
　　《中国西北五省区重要地方畜禽资源》，中国农业出版社，2010（副主编）；
　　《动物生产学》，内蒙古科学技术出版社，2008（副主编）；
　　《全国高等农业院校“十一五”规划教材—养牛学》，中国农业出版社，2006（参编）；
　　《农村普通初中“绿色证书”教育》，陕西人民教育出版社、西北农林科技大学、出版社共同出版，2006（参编）；
　　《西门塔尔牛养殖技术》，金盾出版社，2005（主编）；
　　《养牛学实验实习指导》，西北农林科技大学，2003（主编）；
　　《中国黄牛学》，中国农业出版社，2014（参编）；
　　《全国高等农林专科院校统编教材—牛生产学》，中国农业出版社，1998（参编）；
　　《肉牛高效快速饲养100问》，中国农业出版社，1998（参编）；
　　《当代养殖与加工实用新技术大全》，陕西人民出版社，1998（参编）。
　　（2）主要论文：
　　1. Yun Ma , Ningbo Chen, Rongrong Li, Yongjie Xu,Fen Li , Junya Li, Shuxin Gao , Xiaofeng Li , Kuilin Shi.LXRα gene expression, genetic variation and association analysis between novel SNPs and growth traits in Chinese native cattle.J Appl Genet.2014,55(1):65-74.
　　2. Yun Ma, Hanting Gao, Feng Lin, Yongjie Xu, Ningbo Chen, Fangru Lu, Man Zhao, Fen Li, Kuilin Shi, Ni Cheng, Junya Li. Tissues expression, association analysis between three novel SNPs of the RXRα gene and growth traits in Chinese indigenous cattle[J].Chinese Science Bulletin,2013,58(17)：2053-2060.
　　3. Yun Ma, Ningbo Chen，Rongrong Li，Ting Yang，Huali Zhang，Yufen Huang，Fang Bai，Xianrui Zheng，Junfang Wang，Yafang Li，Yongjie Xu，Shuyuan Li，Hanting Gao，Fen Li，Xinzhuang Wang，Junya Li.Tissues expression analysis, novel SNPs of the bovine Angptl4 gene and its effects on bovine bioeconomic traits，Livestock Science2012, 149:96-103.
　　4. Wei Ma,Yun Ma,Dong Liu, Yuan Gao,Xiao-mei Sun,Ai-min Li , Chun-lei Zhang ,Hong Chen. Novel SNPs in the bovine Transmembrane protein 18 gene, their linkage and their associations with growth traits in Nanyang cattle[J]. Genes & Genomics .2012，34: 591-597.
　　5. Ma Yun,Li Rong-rong,Hou Fei,Zhang Ying-han,Chen Hong,Xu Shang-zhong,Comparative Mapping and 3’UTR SNP detection of ANGPTL4 Gene in Beef Cattle[J].Journa.l of Animal and Veterinary Advances（SCI）,2011,10(13):1649-1655.
　　6. Ma Yun, XU Shang-Zhong,GAO Xue,REN Hong-Yan,XIN Ya-Ping,GAO Shu-Xin, ZHANG Ying-Han. Molecular Cloning of Bovine FABGL Gene and Its Effects on Bovine Bioeconomic Traits[J].Acta Genetica Sinica,2006,33(12):1096-1104.
　　7. Zhuo Ma Luoreng, Xing Ping Wang, Yun Ma,  Feng Li,  Dong Sheng Guo,  Na Li,  Jin Ren Wang.Three Novel SNPs in the Coding Region of the Bovine MC3R Gene and Their Associations with Growth Traits. Biochemical Genetics, 2014, 52(1-2): 116-124.
　　8. Ai-Min Li,Xian-Yong Lan, Xiao-Mei Sun,Yuan Gao,Wei Ma,Yun Ma, Hong Chen. Genetic variations of ANGPTL6 gene and their associations with growth traits and slaughter traits in Qinchuan cattle[J]. Mol Biol Rep .2012,39:9223-9232.
　　9. Xu YJ, Qian H, Feng XT, Xiong YZ, Lei MG, Ren ZQ, Zuo B, Xu DQ, Ma Y, Yuan HY. Differential proteome and transcriptome analysis of porcine skeletal muscle during development[J].Journal of proteomics,2012.4.75(7): 2093-2108.
　　10.X.P.Yue,X.M.Zhang,W.Wang,R.N.Ma,C.J.Deng,X.Y.Lan,H.Chen,F.Li,X.R.Xu,Y.Ma,C.Z.Lei.The CSN1S1 N and F alleles identified by PCR-SSCP and their associations with milk yield and composition in Chinese dairy goats[J].Mol Biol Rep,2011,38:2821-2825.
　　11.Zhai SW, Ma Y ,Effect of rumen energy and nitrogen balance on milk urea nitrogen in Chinese Holstein cows.J.Dairy Sci.2005,88(s):182-183.
　　12.Zhai SW, Liu JX, Ma Y, Relation between milk urea content and nitrogen excretion from lactating cows. Acta Agric. Scand., Sect. A. Animal Sci. 2005,55(2-3):113-115
　　[13] 马云,侯飞,李荣荣,马伟,蓝贤勇,陈宏.牛血管生成素样蛋白4基因(ANGPTL4)编码区SNPs检测及其与南阳牛生长性状的相关性[J].农业生物技术学报,2011,19(5): 887-892.
　　14. 马云,李荣荣,白芳,黄玉凤,李亚芳,杨婷.黄牛与牦牛ANGPTL4-exon 5多态性与生长性状相关性研究[J].西北农业学报,2012,21(1):16-20.
　　15. 马云,高雪,任红艳,许尚忠,张英汉,辛亚平,高树新.牛FABGL基因的分离与染色体RH定位[J].畜牧兽医学报,2007,38(9):893-898.
　　16. 马云,王云云,张晓婷,李芬,王启钊,王新庄.鸭PPARα基因结构及功能的生物信息学分析[J].浙江大学学报(农业与生命科学版),2011,37(4):371-379.
　　17. 李爱民,马 云,杨东英,蓝贤勇,胡沈荣,雷初朝,张春雷,陈 宏.鲁西牛ANGPTL6 基因的3 个多态位点与其生长性状的关联性分析[J]. 中国农业科学 2012,45(11):2306-2314.
　　18. 马云,王伍,梁小娟,王璐,李芬,徐源,姚瑾.信阳水牛 PRL 基因单核苷酸多态性与生长性状的相关性[J].湖南农业大学学报(自然科学版),2011,37(6):645-649.
　　19. 徐永杰, 郭英, 王延博, 金芳芳, 刘邓英, 梁小娟, 宋新强, 陈世峰, 熊远著,马云(通讯作者). 猪CCT5基因的cDNA克隆、序列分析及时空表达研究[J]. 南京农业大学学报, 2013,36(4):99-104.
　　20. 李芬,周佩,杨婷,陈宁博,马云(通讯作者). 牛ANGPTL2基因结构与功能的生物信息学分析，华北农学报, 2012,27(1):51-56.
　　21. 马云,左春生王启钊,曹殿卿,李芬,黄继林.信阳水牛种质资源调查与研究[J].江苏农业科学,2009,(4):270-272.
　　22. 马伟,马云,刘栋,潘璐璐,李爱民,蓝贤勇,陈宏.郏县红牛跨膜蛋白18 基因(TMEM18)SNPs检测及其与生长性状的关联分析[J].农业生物技术学,2013, 21 (2): 173-178.
　　23. 马云,骆莹莹,李芬,王军芳,徐源,姚瑾,李荣荣,陈宏.牛 ANGPTL4 基因结构和功能的生物信息学分析[J].江西农业大学学报,2010,32(1): 135-140.
　　24. 马云,于波,徐永杰,吴海港,梁小娟,付蕾,李芬.中国部分地方牛种mtDNA D-loop区全序列的遗传多样性与系统进化分析[J]. 信阳师范学院学报:自然科学版.2012,25(2):202-205.
　　25. 蒋金航,马云,王新庄.PPARγ基因调控脂肪细胞分化的研究进展.中国畜牧杂志，2014,50（9）：91-95.
　　26. 马云,许尚忠,高雪,张英汉,辛亚平,高树新,任红艳.牛ACAS2基因的克隆、序列分析及染色体物理定位[J].西北农林科技大学学报(自然科学版),2006,34(10):21-26.
　　27. 马云,许尚忠,高雪,张英汉,辛亚平,高树新,任红艳.牛FABGL基因cDNA的克隆与序列分析[J]. 西北农林科技大学学报(自然科学版),2006,34(6):1-6.
　　28. 马云,巨友娟,徐永平,李芬.几种自制诊断液对奶牛隐性乳房炎的诊断效果[J].畜牧与兽医,2010,42（9）:93-95.
　　29. 马云,李芬,王启钊,尤兰兰,左春生.牛ANGPTL3基因的电子克隆与序列分析[J].河南农业科学,2009,(2):99-102.
　　30. 赵曼,陈宁博,杜芳,马云(通讯作者).家畜基因启动子调控功能研究进展，家畜生态学报, 2012,33(6):107-109.
　　31. 马云,郑倩,梁小娟,徐源,姚瑾,李芬.牛肉质性状功能基因组学研究进展[J].信阳师范学院学报:自然科学版,2010,23(4):640-645.
　　32. 李芬,王文欣,李亚芳,姚瑾,郑先瑞,吴海港,陈宁博,马云(通讯作者).牛生长激素释放激素基因研究进展[J]. 信阳师范学院学报:自然科学版,2012,25(1):137-140.
　　33. 马云,付香斌,李芬,刘斌,邹永康. 哺乳动物类血管生长因子基因(ANGPTL)的研究进展[J].信阳师范学院学报:自然科学版,2008,21(3):474-477.
　　34. 何锦红,蒋金航,马云(通讯作者).哺乳动物DNA甲基化概述[J].动物医学进展,2013,34(3):122- 125.
　　35. 辛亚平,高雪,马云,郭亚宁,陈若愚,昝林森,许尚忠,张英汉.鲁西牛4个Y-STR微卫星位点的遗传多态性分析[J].西北农林科技大学学报(自然科版),2007,35(3):11-16.
　　36. 马云,董书伟,杨亚军,侯义宏,顾珍珍,武杰,赵维涛,李东.奶牛隐性乳房炎诊断液YMT的研究[J].中国农学通报,2003,19(6):1-6.
　　37. 马云,许尚忠,高树新,张英汉.奶牛次级性状的微卫星标记与QTL定位研究进展[J].中国农学通报,2004,20(4):4-6.
　　38. 马云,杨春荣,雷安民,窦忠英,昝林森.牛卵泡卵母细胞体外受精和发育的研究[J].黑龙江畜牧兽医,2003,(7):8-10.
　　39. 刘永峰,马云,昝林森,赵春平.牛奶体细胞数与产奶性能相关分析[J].食品科技,2004，（Z1）:337-339.
　　（3） 发明专利及获奖情况
　　1. 马云，昝林森，董书伟，杨亚军，侯义红，李芬.一种奶牛隐性乳房炎的诊断试剂（ZL200510041616.4，授权专利），2007；
　　2.       陈宏，侯飞，马云，李荣荣，朱金龙，蓝贤勇.一种黄牛ANGPTL4基因单核苷酸多态性
　　的方法（ZL201010255658.9，授权专利），2012；
　　3.       马云，李荣荣，李芬，杨婷，王新庄，林峰，石奎林，陈宁博.一种检测牛LXRa基因多态性的方法（ZL 201110136157.3，授权专利），2013.

　　先后主讲过《牛生产学》、《遗传学》、《动物学》、《细胞生物学实验》等本科生课程，以及《育种学》和
　　《生物技术与动物遗传研究进展》等研究生课程。