有的蓝细菌是在受氮、磷等元素污染后发生富营养化的海水“赤潮”和湖泊中“水华”的元凶，给渔业和养殖业带来严重危害。
此外，还有少数水生种类如 Microcystis（微囊蓝细菌属）会产生可诱发人类肝癌的毒素。
