食品中重要的微生物包括真菌、细菌、病毒和寄生虫。
病原性微生物对人体健康的伤害
致病性微生物（如致病菌）对人的伤害包括中毒型，感染型和中毒性感染：
①感染型：食品上带有病源性微生物，人吃了后，致病菌停留在人体内生长繁殖，人会产生恶心、呕吐、腹痛、拉肚子等症状。这种感染是由于微生物（致病菌）本身所导致。一般潜伏期较长。如沙门氏菌的感染。
②中毒型：某些特定的微生物在食品中生长并产生毒素，随着食品被人吃了后进入人体，由于毒素的作用对人产生了危害造成食源性中毒。如葡萄球菌食物中毒。这类中毒型潜伏期比感染型短，出现症状快。
③中毒性感染：中毒性感染是前两种的结合。病源性微生物本身没有侵袭性，但在人体肠胃道内生长繁殖产生毒素，引起中毒。中毒性感染发病时间比感染型短比中毒型长。
