随着菌种保藏时间的延长或菌种的多次转接传代，菌种本身所具有的优良的遗传性状可能得到延续，也可能发生变异。变异有正变(自发突变)和负变2种，其中负变即菌株生产性状的劣化或有些遗传标记的丢失均称为菌种的退化。

   退化菌种的复壮可通过纯种分离和性能测定等方法来实现，其中一种是从退化菌种的群体中找出少数尚未退化的个体．以达到恢复菌种的原有典型性状。另一种是在菌种的生产性能尚未退化前就经常有意识地进行纯种分离和生产性能的测定工作，以达到菌种的生产性能逐步有所提高。

   微生物菌种保藏技术很多，但原理基本一致，即采用低温、干燥、缺旬、缺乏营养、添加保护剂或酸度中和剂等方法，挑选优良纯种，最好是它们的休眠体，使微生物生长在代谢不活泼、生长受抑制的环境中。