制药工程专业培养具备生物学、化学、药学、工程学等方面的基本理论知识和技能，能在制药生产和研发的各个领域从事生产、研发、工程设计、营销、管理、检验的应用型高级专门人才。毕业生可在药物生产企业、药物研发单位、药物监管部门、药物教育部门、药品营销企业及医院等从事生产、研发、市场销售、工程设计、技术管理和教学等工作或进入本学科及相关学科继续深造。
本专业授予工学学士学位，在微生物与生化药学学科和制药工程学科分别具有理学硕士和工学硕士学位授予权。
主要课程：无机及分析化学、有机化学、物理化学、生物化学、化工原理、药物化学、天然产物化学、药理学及毒理学、生物制药学、药剂学、制药分离工程、药物分析、药物合成、制药工艺学、工程制图基础、化工制图、制药工程原理与设备、医学统计学等。
