食品科学与工程系创建于2001年，2002年招收第一届本科生，2013年开始一本招生。2006年成为“农产品加工及贮藏工程”二级学科硕士点，2010年成为“食品科学与工程”一级学科硕士点，2014年开始在农业工程博士点农产品加工技术与装备方向招收博士生。现有教师21名，其中教授3人，副教授9人，具有博士学位教师18人，山东省有突出贡献专家2人，博士生导师1人，硕士生导师11人，形成了以教授和博士为学术带头人、结构合理的学术团队。
食品科学与工程系拥有“山东省食品与生物工程”实验教学中心，实验室面积3000余平方米，配套的仪器设备先进，总值1000余万元，拥有激光粒度仪、近红外品质分析仪、高效液相色谱仪、GC-MS和毛细管电泳仪等价值30万元以上仪器设备11台/套，为本学科教学与科研提供了重要条件保障。
本系教师长期致力于农产品干燥、贮藏保鲜、挤压加工和食品质量与安全检测技术研究。近5年共承担国家级课题17项（含国家自然科学基金10项）,省部级科研项目17项，纵向科研经费累计达950余万元。获山东省技术发明奖二等奖2项，山东省科技进步奖三等奖2项，“农产品高值化挤压加工与装备关键技术研究及应用”获2011年国家科学技术进步二等奖。授权发明专利39项，发表高水平论文160篇，其中SCI、EI、ISTP收录70篇。
本专业每年招收本科生160名，毕业生的考研率一直维持在30％以上，每年都有多人考入江南大学、中国农业大学、华中农业大学和东北农业大学等名校。一次就业率在90％以上，毕业生在学校各项教育教学指标中均取得优良成绩,受到用人单位的一致好评。研究生王小瑜、李霞和杜淑媛的硕士论文分别获2009、2010和2012年度山东省优秀硕士论文称号。
